沸石重要的特性之一是去除氨(NH3)和铵(NH4+)。在水产养殖中，氨对鱼类的毒性很大，少量的氨就会导致疾病和生长抑制。高浓度的氨对鱼来说是致命的。在游泳池中，铵离子被游泳者带入水中。它经常与游离氯反应形成氯胺。它们对眼睛和皮肤有刺激性。
天然沸石通过离子交换和更高浓度的吸附去除铵离子。废水中存在的铵离子被交换为钠离子。沸石对铵的动态容量约为0.9meq/g。
在游泳池中更换沸石很简单：去除旧介质并用沸石填充过滤器至指定高度。无需更改容器、阀门或管道。水的pH值应保持在7.2–7.6。除植绒剂外，化学品应在过滤后添加。在操作期间，将观察到化学品消耗量的减少。由于沸石的纳污量大，反洗次数减少，从而节水。沸石的特点是纯度高。由于其高度多孔的结构，沸石的密度远低于沙子，因此按重量计算需要的沸石更少。沸石的使用可降低氯的消耗量并改善游泳池的游泳环境。
沸石对重金属的吸附在很大程度上类似于去除氨。不同重金属的个别动态吸附容量为：
Fe 2+1.0毫克当量/克；锌2+1.1毫克当量/克；镍2+1.0毫克当量/克；镉2+1.0毫克当量/克；铅2+1.2毫克当量/克；铜2+1.0毫克当量/克。
如果废水中存在多种不同的阳离子，由于不同阳离子之间的竞争，每个离子的吸附能力将降低。吸附将取决于沸石对不同离子的相对选择性、水的组成和温度。相对选择性由水合直径、离子的电荷和迁移率决定。这种特性使沸石能够将水中存在的有害离子交换为其结构中存在的无害离子。
内表面的结构使沸石适合作为好氧和厌氧生物废物处理装置中的载体材料。使用它们的一个进步是许多被细菌代谢的物质也被沸石吸附。这会导致例如铵从一开始就被去除，因此不必等到稳定的细菌柱形成。此外，沸石还充当铵离子的缓冲剂；在大量氨产生的情况下，部分氨被沸石吸附，如果氨浓度低，细菌代谢部分吸附的氨。
沸石可吸附多种有机物质。这种矿物质对极性有机成分（例如氯化烃）具有最大的亲和力。根据分子的直径，它们要么被吸附在微孔中，要么被吸附在中孔中，其吸附容量很大程度上取决于进行吸附的环境。
由于沸石是粒状材料，固体和悬浮颗粒被困在颗粒之间，其规则的多孔结构还导致从水中去除有机和矿物来源的胶体颗粒，去除固体颗粒的能力比同等粒度分布的沙子的去除能力高出45%。
