在水处理领域，依据改性沸石性能的不同可将其运用在饮用水预处理及常规工艺的强化、污水处理中对高浓度污染物质的去除、污泥处理工艺中回收有用成分和去除重金属等有害物质。
沸石可与絮凝剂结合使用，类似于分子筛在强化混凝中的作用。利用3套分子筛装置将分子筛与絮凝剂结合投加在污水流经罐区的管线中，污水浊度去除率达93.91%。但是在前处理中使用絮凝剂产生的絮体容易粘附在管道和工艺构筑物上，清洗十分麻烦。相比而言，沸石分子筛在混凝工艺中的助凝效果更佳，从经济角度考虑，一般选择在混凝工艺投加沸石分子筛，而采用其他方式进行预处理。
改性沸石在深度处理中的应用一般为针对氨氮及有机物的去除，改性沸石在高浓度氨氮废水处理中一般结合其他工艺或技术手段共同使用。
另外，改性沸石可以回收污泥中的有机物及氮磷。用3种混凝剂对沸石进行负载改性后提高了污泥中有机物的回收率，该方法为污泥中有机物回收利用和废水的深度处理提供了参考。
总之，针对待去除污染物对沸石进行改性，寻求合适的改性试剂，提高污染物去除率;结合更简便、高效、低成本的改性方式，提高改性成分负载能力，避免造成二次污染，从而提高改性沸石的实用性。提高改性沸石的再生效率、减少沸石改性成分的流失，关系到沸石的应用成本及应用普适性。
