农业上沸石可作为吸附土壤中盐基离子和重金属离子的良好载体，大小不同的孔隙使沸石具有很高的选择性阳离子交换量，并含有Ca、Mg、Na、K、Fe、Cu、Cr等20余种植物生长所需的常量和微量元素，所以沸石也常常被用作土壤或无土栽培基质的添加剂，提供作物和花卉生长所需的养分。此外，天然沸石和改性沸石也被作为吸附剂和中和剂用于土壤治理和土壤改良，达到吸附重金属、消除毒害的作用，应用前景广泛。
沸石内部有较多孔隙，使得沸石比表面积变大，从而能吸附更多的水分子，增加土壤的保水性。同时，沸石能够与土壤中其他的阳离子发生交换吸附。由于沸石颗粒密度小、孔隙度较大，将天然沸石掺入土壤，可以疏松土壤，增加土壤孔隙度和透气性，改善土壤物理性状。
将粒状和粉状的沸石分别混入本身透水性很大的砂质土壤中进行土壤改良试验，结果表明，随着沸石的混入，沙质土壤的透水性降低，而有效水含量增加；如果用有效水最大含量表示土壤的保水力，那么混入粒状沸石和粉状沸石（混合率2％）后土壤的保水力分别是对照区的2倍和2.5倍，说明添加沸石可有效增加土壤的保水能力。
沸石可以改善土壤结构，提高土壤渗透性，提高离子交换容量，吸收较多的植物营养元素，延长化肥的作用期限，具有保水、保氨和保钾的作用，使土壤中的无效磷转化为有效磷，防治土壤营养贫缺障碍，防治土壤酸化、干旱与沙化，提高土壤的pH值，提高土壤水分的滞留能力，具有“储运”水分的良好功能。土壤中加入沸石后，在水量充沛的时候沸石可将水分固定在其孔隙结构中，干旱季节再将空隙中的水分释放，从而增强了土壤的持水力，提高了不同土壤的耐旱能力，添加沸石增加的孔隙促进了气体的扩散，能够加快土壤的呼吸作用。土壤中施入沸石后，可使砂质土壤增加持水能力，而粘质土壤也可以增加通气性，从而使土壤表现出良好的耕作性能。
