人工湿地应用日益增多，除了技术优势外，其低廉的建设投资和运行费用也发挥了举足轻重的作用。例如，某表面流人工湿地处理厂的运行费用为0.08元·m-3，深圳沙田潜流人工湿地处理厂的运行费用为0.14元·m-3，江苏杭集镇生活污水处理厂人工湿地深度处理系统运行费用约为0.184元·m-3。
已有分析表明，在满负荷运行的情况下，不仅人工湿地的所有费用（建设投资、运行和维护费等）仅约为城市污水处理厂的50%，而且其运行和维护费用稳定，同时人工湿地独特的环境价值能够提供其约27%的运行和维护成本，具有显著的经济效益和环境效益。
考虑到人工湿地水力负荷低、占地面积大的特点和我国城市化进程中土地资源的紧缺状况，大规模应用人工湿地对污水处理厂尾水进行深度处理存在一定的局限性。如大中型城镇污水处理厂日处理水量较大，不太适宜采用人工湿地进行尾水深度处理。因此，需因地制宜，综合考虑占地、经济、受纳水体环境质量等因素，并进一步深入分析和总结人工湿地的适用规模。基于国内人工湿地深度处理城市污水处理厂尾水的现状，人工湿地的规模不宜过大，适于对小型城镇污水处理厂尾水进行深度处理，日处理规模在1000~40000m3·d-1之间。
值得注意的是，气候、季节等对人工湿地的脱氮除磷效果具有很大影响，所以在运行管理方面应特别注意，因此现在大多数人已经在建造人工湿地时使用沸石产品以确保可以长期稳定运行。干旱/半干旱地区，应挑选合适的时期收割植物，以保证人工湿地有效去除有机物和氨氮；寒冷地区可通过将水位上升到冰冻面来实现人工湿地保温和越冬。此外，冬季气温较低，易造成湿地处理能力下降，出水水质不达标，可对来水进行预处理，降低进水污染负荷，这在弥补处理能力下降的同时也可预防床体堵塞。通过试验发现，即使在寒冷冬季，通过采取隔离保温措施，人工湿地仍然具有较好的污水处理能力。此外，还可采用改善微生物活性等办法进一步降解污染物，实现人工湿地冬季出水达标排放。
